Istorijski period Egipta započeo je na prelazu iz trećeg u četvrti milenijum pre Hristovog rođenja. Drevna kulturna tradicija, pod uticajem osvajača i unutrašnjih prevrata, trajala je sve do usvajanja hrišćanstva u četvrtom veku nove ere. Gotovo tri i pol hiljade godina, popis i funkcije egipatskih bogova pretrpjeli su značajne promjene. Egipatski bogovi su stekli karakteristike i imena karakteristična za njihove susjede - Asirce, Hetiti, Hiksi, Heleni.
Nakon ujedinjenja Egipta pod vlašću jednog vladara, mnogi bogovi pojedinih regija i plemena zemlje ušli su u zajednički panteon, ali većina njih je bila poštovana samo u sredini u kojoj je nastao njihov kult. Neki bogovi su postepeno stekli zajedničko egipatsko značenje. Boginja Bastet, koja ima mačju glavu, bez sumnje je izrasla iz kulta obožavanja mačaka kao čuvara zaliha žitarica od miševa. Poljoprivreda je igrala veliku ulogu u Egiptuulogu, za razliku od, na primjer, Helade, koja se uzdizala uglavnom zahvaljujući trgovini i vojnim osvajanjima. Antropomorfni egipatski bogovi često su bili obdareni glavom životinje, na osnovu čijeg štovanja je nastao ovaj ili onaj kult. Na primjer, bog Thoth je imao glavu ibisa, boginja Sokhmet (Sekhmet) imala je glavu lava, Anubis je imao glavu psa.
Kako su određena područja zemlje rasla, došlo je do promjene dinastija ili "premeštanja" glavnog grada na novo mjesto, mijenjali su se i egipatski bogovi "prvog ešalona". Zanimljiva karakteristika drevne egipatske religije bilo je prisustvo velikog broja kosmogonijskih mitova (odnosno verzija o nastanku svijeta), a na svakom lokalitetu lokalno božanstvo je igralo glavnu ulogu u ovoj teškoj stvari.
Egipatski bogovi u tako velikom broju, koji su postali osnova za lokalni separatizam, bez sumnje, nisu bili potrebni ni jednoj državi. Osim toga, brojni kultovi zahtijevali su utrošak velike količine materijalnih sredstava, koja su se mogla s mnogo većom koristi potrošiti na unutrašnje uređenje zemlje, na izdržavanje vojske i sl. Imajući veliko bogatstvo i uticaj, sveštenički klanovi su direktno ugrozili jedinu vlast faraona.
Sve u obzir, faraon Amenhotep IV, uzimajući ime Ehnaton, uvodi kult manjeg regionalnog božanstva Atona (oboženog solarnog diska) kao uobičajenu egipatsku religiju. Ali inercija tradicije bila je prejaka i Ehnaton umire prije nego navrši četrdesetu. Prema najuvjerljivijoj verziji, bio jeotrovan. Istina, progon nije dotakao porodicu, a njegova žena (čuvena Nefertiti) ostala je živa mnogo godina nakon muževljeve smrti.
Nakon perzijskog, a kasnije i helenskog preuzimanja zemlje, egipatski bogovi i boginje postepeno počinju da gube svoj raniji uticaj, padaju u opadanje. Oni se spajaju sa bogovima osvajača. Na primjer, Aleksandar Veliki je bio poštovan u Egiptu kao sin Zevsa-Amona, sinkretičkog egipatsko-helenističkog božanstva.
Kada su egipatski bogovi, čija su imena imala i lokalno i mješovito porijeklo, počeli da ustupaju mjesto novoj religiji - kršćanstvu, postepeno je počeo zaborav staroegipatskog pisma. U vrijeme vladavine cara Konstantina umro je i posljednji nosilac egipatske religijske tradicije, nakon čega su kroz stoljeća imena staroegipatskih bogova bila poznata samo iz spisa grčkih i rimskih istoričara. Ali obojica su se upoznali sa egipatskom kulturom u vreme kada je ona već opadala, i malo je verovatno da su sveštenici inicirali strance (često agresivne) u tajne njihove religije.
Arapski naučnici i Evropljani su više puta pokušavali da dešifruju drevne hijeroglife, ali bezuspešno. I tek početkom devetnaestog stoljeća, briljantni lingvista Francois Champollion uspio je pronaći ključ za dešifriranje egipatskih tekstova. Od tog trenutka počinje moderna era proučavanja istorije i kulture starog Egipta.
